Die Zielkompetenzen des Bachelorstudium Musiktheorie sind eine breite musiktheoretische Bildung, umfangreiche Literatur- und Repertoirekenntnisse, ein reflektierter Umgang mit unterschiedlichen Kompositionstechniken und musikalischen Stilen und die Fähigkeit, musikalisch - künstlerische Sachverhalte strukturiert sowie schriftlich und sprachlich kompetent darzustellen.
Die Studienrichtung Musiktheorie kann mit zwei Schwerpunkten studiert werden:

Schwerpunkt Zeitgenössische Musik/Komposition (in Zusammenarbeit mit sonic space basel)
Schwerpunkt Alte Musik/Historische Satzlehre (in Zusammenarbeit mit der Schola Cantorum Basiliensis)

Im Master of Arts in Musikpädagogik mit Hauptfach Musiktheorie festigen die Studierenden die im Bachelorstudium erworbenen Grundkompetenzen. Sie erweitern sie individuell und bringen sie zur Berufsreife. Dies geschieht einerseits durch eine starke Ausrichtung auf den Hauptfachunterricht, andererseits durch eine fundierte pädagogische Ausbildung. Die intellektuell-reflektorische Ebene bezieht Aspekte der Forschung ein. Die handwerklich-praktische Ebene umfasst das Schreiben von Stilübungen und kleineren Kompositionen, Partiturspiel und Improvisation. Die Ebene des Vermittelns und des Präsentierens in Wort und Schrift hat einen hohen Stellenwert.Absolventinnen und Absolventen dieses Studiengangs vermitteln Musiktheorie im Privatunterricht, an Musikschulen und im Pflichtfachbereich der Musikhochschulen.

Obwohl die theoretischen Ansätze, Konzepte und Diskurse des 20. Jahrhunderts umfangreich, vielfältig und gut dokumentiert sind, spielt die Musiktheorie des 20. und 21. Jahrhunderts in der Hochschullehre bislang nur eine Randrolle und marginalisiert die aktuelle Epoche.
Die Studienrichtung Spezialisierter Master Neue Musik Theorie komplettiert das Angebot der Musiktheorie an der Hochschule für Musik Basel. Dieses neue Matrixangebot verbindet Theorie, Praxis, Wissenschaft und künstlerische Forschung.
Der Master ist auf die Theoriebildung des 20. und 21. Jahrhunderts und deren Anwendung ausgerichtet. Er erweitert den Theoriebegriff inter- und transdisziplinär und positioniert Ansätze, Methoden und das Wissen des Fachs neu. Das Studium verbindet den ästhetisch-wissenschaftlichen Diskurs mit einem praxisbasierten und künstlerischen Ansatz. In der internationalen Musikhochschullandschaft ist dieses Studienangebot, in Kombination mit dem breiten Feld zeitgenössischer Musikpraxis im Umfeld des sonic space basel, einzigartig.